登録免許税及び不動産取得税に関する軽減措置が、2025年税制改正により延長されました。

不動産ファンドに係る登録免許税、不動産取得税に係る軽減措置が2年延長

【登録免許税】

【不動産取得税】

※ 50㎡（新築賃貸マンションは40㎡）以上240㎡以下の新築または居住用中古家屋については、最大1,200万円の控除あり

登録免許税について、今回の税制改正により以下の軽減措置が延長されました。
● 特定目的会社、投資信託、投資法人等が取得する一定の不動産に係る所有権移転登記： 2.0% →1.3%
● 不動産特定共同事業事業法に基づき取得する一定の不動産に係る登記
　所有権移転登記： 2.0%→1.3%
　所有権保存登記： 0.4%→0.3%

また、不動産取得税に係る軽減措置について、以下の延長が行われました。
● 特定目的会社、投資信託、投資法人等: 5分の2に軽減（5分の3を控除）
● 不動産特定共同事業者： 2分の1に軽減

なお、不動産特定共同事業法に関する登録免許税の軽減措置について、不動産取得後に新築または増築等に着手するまでの期限に係る要件を、取得後2年以内→3年以内とする等の見直しも行われました。

適用の可否や軽減効果を検討するにあたり、新築・中古、用途、面積等の要件を細かく確認する必要があります。

土地売買時の所有権移転に係る登録免許税の軽減は、2026年3月末に期限を迎えます。
こちらの軽減措置も、再度延長されることが期待されます。

スタートアップ企業へ投資する個人を税務面から後押しするエンジェル税制。
2025年税制改正により、株式譲渡益が発生した翌年に再投資すれば所得税が還付される制度が創設されました。

株式譲渡益発生年の翌年までに再投資すれば繰戻還付

譲渡益控除型である優遇措置B、プレシード・シード特例、及び起業（スタートアップ支援）特例において、見直しが行われました。
従来は、株式譲渡益が発生した当年中に再投資することが必要でした。

改正後は、譲渡益が発生した翌年中に再投資すれば、前年の売却益に係る譲渡所得税を繰戻還付できるようになります。
この場合、前年分の確定申告に「翌年中に再投資見込み」の書類を添付する必要があります。

20億円までの非課税優遇には翌年末までの保有期間要件

プレシード・シード特例及び起業特例においては、短期売買の抑制措置が設けられました。
すなわち、上記特例を適用して再投資した株式は、取得年の翌年末まで保有する必要があります。
それまでに売却した場合、非課税優遇を受けられず課税繰延へ切替えられることになりました。
但し、IPOやM&A等による売却に関しては、当該規制の対象外となります。

この他、税務署への通知義務が強化されました。
対象会社は、投資家の譲渡・贈与を把握した場合は株式異動状況通知書を作成し、翌年1月31日までに所轄税務署長に提出します。
今後は、4つの制度の全ての場合にこれが必要となり、またエンジェル税制を適用していない株式も含まれるようになります。
その前提として、投資家側も異動状況を対象会社へ通知する必要があります。

本改正は、2026年1月1日以降取得分から適用されます。

iDeCo（個人型確定拠出年金）や企業型DCの掛金限度額が改正により増額されました。
加入年齢の上限も70歳未満まで引上げられます。

iDeCoや企業型DCの掛金限度額が引上げ

今回の改正による変更点は以下の通りです。
● 掛金拠出限度額の引上げ
● 加入年齢の上限引上げ：65歳→70歳
● マッチング拠出：企業型DCの事業主掛金を超える拠出が可能に

掛金拠出限度額は下表の通り、特に第2号被保険者はiDeCoの拠出上限が大幅に引上げられました。

新制度は、今後3年以内に段階的に施行される予定です。

退職所得控除の調整対象拡大に注意

一方で、退職所得控除の調整規定も見直されました。
複数の退職金がある場合、退職所得税が増税となる可能性があります。

すなわち、iDeCoなどDC一時金を支給後、9年以内に他の退職手当等（企業の退職金や小規模企業共済の解約手当金）が支払われた場合、退職所得控除の減額調整が行われます。
改正前は4年以内とされていたため、調整対象期間が5年延びることとなりました。

こちらの改正は、2026年1月1日以後に支払われるDC一時金が対象となります。
既に掛金を拠出・運用しているiDeCoにも適用されるため、注意が必要です。

「金融商品会計に関する実務指針」（移管指針第9号）が改正されました。
一定の要件を満たすベンチャーキャピタルファンド等へ出資する場合、当該ファンドの投資先である非上場株式等を公正価値（時価）で評価できるようになりました。

組合が投資する非上場株式等の時価評価が可能に

組合等（投資事業有限責任組合、匿名組合、パートナーシップ等）の構成資産が市場価格のない株式の場合、日本の会計基準では従来取得原価で評価することとされていました。
一方、ベンチャーファンドを中心に、非上場株式等を公正価値（時価）により評価する組合等も増えてきました。

関連コラム：
(2024/9/30) 投資事業有限責任組合は公正価値評価が原則に

ファンドが時価評価を行っても、パススルーで取込む出資者側がIFRSを採用していない場合、これまでは日本基準に従い取得原価に組替えなければなりませんでした。
今後は、以下の2要件を満たす組合等へ出資した場合、時価評価が可能となります。
①組合等の運営者が、財産の運用を業としていること
②組合等の決算において、投資先である市場価格のない株式について時価評価を行っていること

なお、時価評価を選択した場合、評価差額の持分相当額は純資産の部に計上します。

また、時価評価の対象となる範囲について、以下の注意点があります。
・組合等ごとに時価評価を適用するか出資時に選択し、原則として継続適用
・組合等の構成資産が出資者の子会社及び関連会社株式である場合、時価評価の対象外
・ファンド・オブ・ファンズの場合、組合等が出資する別の組合等ごとに時価評価の要件を満たすか判定を行う

本改正実務指針は、2026年4月1日以後開始する事業年度から適用されます。
2025年4月1日以後開始する事業年度からの早期適用も認められています。